生物有機肥料除含有N、P、K、Ca、Mg、S、B、Fe、Mn、Mo、Zn等農作物必需的營養元素，還含有能被作物吸收利用的各種氨基酸、多肽等有機營養，促進植物生長的維生素和生物活性物質(活性酶、糖類等),以及多種有益微生物(固氮菌、氮化菌、纖維素分解菌、硝化菌等),是養分最全的天然復合肥。生物有機肥種類繁多，而且性質千差萬別，但從肥料的角度分析，它在果樹種植中主要有以下幾個方面的作用。

生物有機肥料中含有果樹生長所需的各種營養元素及氨基酸、維生素、糖等有機營養，因此，它能源源不斷地將這些養分供給主桿供其正常的生長發育；而且有機質在土壤中分解時可產生一定量的二氧化碳，可作為果樹葉片進行光合作用的原料。與無機肥料相比，有機肥料提供的養分具有全面和持續穩定的特點，這是由于生物有機肥料來自于動植物，而動、植物體內不僅含有自已生長所必需的16種營養元素，還含有其他有益于自己生長的元素，這些元素在有機肥的分解過程中都可向果樹供應。

同時，生物有機肥料所含的營養物質多以有機態形式存在，只有通過微生物分解才能轉變成為作物可利用的形態，而這個分解過程是緩慢的、持續的，因而養分的供應也是緩慢的、持續的。但是，純有機肥料所含的養分比較低，如沼渣全氮、全磷、全鉀的平均含量分別只有2.02%、0.84%、0.88%,不能完全滿足果樹生長、結果過程中對養分的需求，需要在生物有機肥的加工制作過程中加入少量化肥，或在施用時與無機肥相配合施用。

改良培肥土壤土壤有機質是土壤肥力的重要指標，是形成良好土壤結構的物質基礎。施入土壤中的生物有機肥料，在微生物作用下，分解轉化成簡單的化合物，同時經過生物化學的作用，又重新組合成新的、更為復雜的、比較穩定的土壤特有的大分子高聚有機化合物，從而促進土壤形成結構優良的團粒結構，加上生物有機肥料的密度一般比土壤小，施入土壤的生物有機肥料能降低土壤的容重，改善土壤通氣狀況，有機質保水能力強，比熱容較大，導熱性小，顏色又深，較易吸熱，調溫性好。

另外，生物有機肥料分解過程中在土壤溶液中可解離出氫離子，具有很強的陽離子交換能力，施用生物有機肥料可增強土壤的保肥性能。土壤礦物顆粒的吸水量最高為50%~60%,腐殖質的吸水量為400%~600%,施用生物有機肥料，可增加土壤含水量，一般可提高10倍左右。生物有機肥料既具有良好的保水性，又有很好的排水性。因此，能緩和土壤干濕之差，使作物根部土壤環境不至于水分過多或過少。

提高土壤生物活性。生物有機肥料中除含有有機質和各種礦質營養元素外，還含有多種有益微生物(固氮菌、氮化菌、纖維素分解菌、硝化菌等),施用生物有機肥料可以增加土壤中微生物的數量，還為微生物的生長提供了能量和養分來源，從而促進土壤微生物活動。微生物在活動中或死亡后所排出的物質，包括氮磷、鉀等無機養分，有谷酰胺酸、脯氨酸等多種氨基酸，多種維生素，以及細胞分裂素、植物生長素和赤霉素等植物激素，這就進一步提高了土壤的各種活性。

修復土壤污染生物有機肥料能提高土壤陽離子代換量，增加對鎘、汞等重金屬離子的吸附，有機質分解的中間產物還可與這些離子發生螯合作用形成穩定性絡合物，有毒的可溶性絡合物可隨水下滲或排出農田，提高了土壤自凈能力。

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